Das Taufbecken ist ein Bronzeguss aus der ersten Hälfte des 14. Jahrhunderts. Die romanischen Bronzelöwen auf denen das Taufbecken ruht sollten sogar schon aus der zweiten Hälfte des 12. Jahrhunderts stammen. An der Beckenwand sind in Rundbogenarkaden Reliefdarstellungen der Heiligen, Bischöfe und Äbte von Salzburg zu finden. Dieses Taufbecken wird Meister Heinrich zugeschrieben.
Der Deckel des Taufbeckens (von Toni Schneider-Manzell) stammt aus dem Jahr 1959 und zeigt Motive zur Taufsymbolik.
Die Pestsäule (auch Dreifaltigkeitssäule genannt)befindet sich am Hauptplatz und wurde zwischen 1717 und 1723 errichtet.
Sie wurde vermutlich von A. Beduzzi im Jahre 1714 entworfen.
Der von Hans Brüggemann von 1514 bis 1521 aus Eichenholz gefertigte Altar ist 12,60 Meter hoch und schildert (nach Holzschnitten aus Dürers Kleiner Passion) mit 392 Figuren die biblische Passionsgeschichte von der Gefangennahme Jesu bis zu Christi Himmelfahrt. Im Mittelfeld sind Kreuztragung und Höllenfahrt durch größere Formate hervorgehoben. Himmelfahrt und Pfingsten werden auf den Seitenflügeln abgebildet. Neben dem hochgezogenen Mittelteil sind Adam und Eva dargestellt. Über allem schwebt Christus als Pantokrator.
Der Altar wurde ursprünglich für die Chorherrenkirche des Augustiner-Stifts in Bordesholm angefertigt. Nachdem das Stift im Zuge der Reformation aufgelöst worden war, ließ der Gottorfer Herzog Christian Albrecht gut hundert Jahre später das Meisterwerk im Jahr 1666 im Schleswiger Dom aufstellen. An der Restaurierung des Altars Ende des 19. Jahrhunderts in Flensburg war der junge Emil Nolde beteiligt.(Übergang Spätgotik zur Renaissance)
Die Darstellung innerhalb der Halbkuppel oben (an der Außenseite des Markusdomes) ist das einzige des ursprünglichen Konzeptes. Gezeigt wird die Überführung der Gebeine des hl. Markus in den Dom. U.a. sind zwei Bischöfe (Bischofsstab!) Sargträger, daneben rechts der Doge. Dieses Mosaik ist das einzige Bild ohne die gotischen Ergänzungen des 13. und 14. Jahrhunderts.
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