Der von Hans Brüggemann von 1514 bis 1521 aus Eichenholz gefertigte Altar ist 12,60 Meter hoch und schildert (nach Holzschnitten aus Dürers Kleiner Passion) mit 392 Figuren die biblische Passionsgeschichte von der Gefangennahme Jesu bis zu Christi Himmelfahrt. Im Mittelfeld sind Kreuztragung und Höllenfahrt durch größere Formate hervorgehoben. Himmelfahrt und Pfingsten werden auf den Seitenflügeln abgebildet. Neben dem hochgezogenen Mittelteil sind Adam und Eva dargestellt. Über allem schwebt Christus als Pantokrator.
Der Altar wurde ursprünglich für die Chorherrenkirche des Augustiner-Stifts in Bordesholm angefertigt. Nachdem das Stift im Zuge der Reformation aufgelöst worden war, ließ der Gottorfer Herzog Christian Albrecht gut hundert Jahre später das Meisterwerk im Jahr 1666 im Schleswiger Dom aufstellen. An der Restaurierung des Altars Ende des 19. Jahrhunderts in Flensburg war der junge Emil Nolde beteiligt.(Übergang Spätgotik zur Renaissance)
Im Kreuzgang des Klosters befindet sich diese Figurengruppe, die darstellt wie Christus dem Heiligen Petrus die Füsse wäscht. Sie ist von Giovanni Giuliani (1663-1744).
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